El Fortín de San Jerónimo del Boquerón formaba la última línea de defensa de la ciudad corta. Se unió al Puente San Antonio, al Fuerte del Escambrón y al Castillo San Cristóbal.
Durante años resistió ataques de todo tipo. En 1797 resistió la invasión de las fuerzas del almirante británico Henry Harvey y Sir Ralph Abercromby. Tras dos semanas de asedio, sufrió grandes daños. Esto sirvió para su posterior reconstrucción y ampliación, alcanzando así el aspecto actual.
Se añadió al Registro Nacional de Lugares Históricos el 11 de octubre de 1983. No forma parte del Sitio Histórico Nacional sino que es propiedad del Instituto de Cultura Puertorriqueña. Lo usaba ocasionalmente el hotel Caribe Hilton para reuniones privadas, pero se pararon.
Deterioro del Fortín de San Jerónimo del Boquerón
En 2004 se realizaron intentos por el Instituto de Cultura Puertorriqueña y los ingenieros del Ejército de los Estados Unidos para construir un rompeolas. Se pretendía detener el deterioro ocasionado por las aguas en las paredes del fuerte. Sin embargo este proyecto nunca llegó a ver la luz.
Tras dos décadas cerrado al público, en 2018 se creó la Asociación Amigos del Fortín de San Jerónimo. Se trata de una asociación sin ánimo de lucro encargada de la preservación y futura reapertura de la construcción. Quieren darle así una nueva vida para el benéfico del pueblo de Puerto Rico y turistas. Aún no hay fecha prevista para su apertura.