El edificio exhibe cuatro siglos de diseño arquitectónico y mampostería tradicional. Se incluyen las extraordinarias bóvedas góticas isabelinas de raro diseño arquitectónico catalán. El terreno sobre el que la iglesia se construyó lo donó el Gobernador Don Juan Ponce de León. Este personaje, además, fue el primero en ser sepultado allí. Sin duda alguna, uno de los nombres más ilustres que podremos oír y leer en San Juan de Puerto Rico.
Problemas de la Iglesia San José
La Iglesia de San José ha estado cerrada durante 13 años. Está sufriendo un deterioro severo y daños estructurales. Mientras, una coalición de organizaciones comunitarias y un grupo de individuos está involucrado en el esfuerzo por su preservación. Se hace necesario ampliar los fondos necesarios para restaurar este tesoro irremplazable. El Patronato de Monumentos de San Juan, una organización sin fines de lucro encargada del esfuerzo de restauración, está comprometido a hacer una auténtica restauración. Se incluye el uso de materiales y técnicas originales.
Stephanie Meeks, presidente del Fondo Nacional para la Conservación Histórica, dijo lo siguiente. «Esta es la primera vez que el Fondo Nacional para la Conservación Histórica ha seleccionado un sitio en Puerto Rico para agregarlo a la lista de Sitios Históricos en Peligr. No podríamos haber escogido un lugar que lo mereciera más». Añadió: «Originaria del siglo XVI, la Iglesia de San José ayuda a narrar la temprana historia colonial del Nuevo Mundo. Es un legado que debe ser pues preservado».